ثقه الاسلام، افزون بر فعالیت‌های سیاسی و حمایت بی‌دریغ از مشروطه، در میان دانشمندان دینی عصر خود نیز جایگاهی بلند داشت. او را از پیشگامان نسخه‌‌شناسی و کتاب‌گزاری در ایران می‌دانند. کتاب مرآه الکتب وی، سرمشق و یکی از مهم‌ترین منابع الذریعه‌ی آقابزرگ تهرانی است.
ثقه الاسلام در عین حمایت از مشروطه، نقدهای فراوانی نیز بر آن داشت. از نامه‌های او به مستشارالدوله، چنین برمی‌آید که حساب مشروطه را از برخی مشروطه‌‌چی‌ها جدا کرده بود. برخلاف مرحوم شیخ فضل الله نوری که به هیچ روی مشروطه را نمی‌پذیرفت، او مشروطه را آغازی مناسب برای آزادی و آبادی ایران می‌دانست و در این راه تا بذل جان کوشید. به گفتۀ کسروی، «ثقه الاسلام تبریزی کسی بود که آبروی ایران و اسلام گشته و چوبۀ دار را خرید، ولی یک امضا به دشمنان و اشغالگران در جهت تأیید این موضوع که مجاهدین آغازگر جنگ بودند، نداد.» (تاریخ هیجده‌ساله، ص ۵۸۳)
شهید ثقه الاسلام تبریزی
ماجرای شهادت این روحانی مظلوم، بسیار دلخراش است:
«عصر روز نهم محرم ثقه الاسلام از خانۀ خود بیرون آمد تا به خانۀ دکتر علینقی‌خان برود. در ورودی کوچه، ودنسکی با یک افسر روسی از درشکه پایین آمد و پس از سلام به ثقه الاسلام گفت: کنسول روس سلام می‌رساند و می‌گوید جلسه‌ای در کنسول است. چند نفر دیگر هم هستند. شما هم تشریف بیاورید. ثقه الاسلام خواست با درشکۀ دیگری برود، ولی ودنسکی گفت این درشکه را کنسول برای شما فرستاده است. وی را سوار بر درشکه کردند و به کنسول‌خانه بردند. آن روز ضیاء العلما و صادق الملک و آقا محمدابراهیم تفقایچی و حسن قدیر و پسران علی سید را هم گرفته بودند… در باغ کنسول‌خانه، در روز دهم محرم، روس‌ها دستور دادند بر سر آنان ریخته، به کندن لباس‌های آنان پرداختند و جز پیراهن و زیرشلواری همه را از تنشان درآوردند. گویا شیخ سلیم ایستادگی می‌نماید. کریم سرخابی با قمه ضربه‌ای به بازوی او زد و او را زخمی کرد. ثقه الاسلام و برخی آهسته دعا می‌خواندند. ثقه الاسلام به همگی دلداری می‌داد و از هراس و غم ایشان می‌کاست. شیخ سلیم بی‌تابی می‌کرد. ثقه الاسلام گفت: این بی‌تابی بهر چیست؟ ما را چه بهتر از اینکه در چنین روزی به دست دشمنان دین کشته شویم؟» (همان، ص۳۱۰ تا ۳۱۱٫ نیز ر.ک: سخنوران آذربایجان، ص۲۷۵؛ تاریخ بیداری ایرانیان، ص۴۶۵٫)
در روز اعدام ثقه الاسلام، مشروطهخواهان تبریز، هرچه به مردم التماس کردند که بیایید امروز مقابل کنسول‌خانۀ روس برای امام حسین(ع) عزاداری کنیم تا روس‌ها بترسند و روحانی فاضل و مجاهد شهر را اعدام نکنند، افاقه نکرد. یکی از مشروطهخواهان نزد سردستۀ مهم‌ترین هیئت قمه‌زنی تبریز رفت و گفت: روس‌ها بیشتر از ۲۰۰ تفنگ‌چی در تبریز ندارند. شما چندهزار نفرید. قمه هم دارید. نگذارید امروز این عالم جلیل‌القدر را بکشند. سردستۀ قمه‌زنان گفت: «آقا جان اولارین تفنگی وار، آدامی اولدُرَللَر؛ آنها تفنگ دارند و آدم را می‌کشند.» (مصطفی دلشاد تهرانی، مدرسۀ حسینی، چاپ پانزدهم، زمستان ۱۳۸۱، ص۱۷)
این است نتیجه عدم بصیرت و عدم درک راه و مرام حسین(ع)….
